สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ มีพระนามเดิมว่า หม่อมราชวงศ์ชื่น นภวงศ์ เป็นโอรสในหม่อมเจ้าถนอม นพวงศ์ และหม่อมเอม นพวงศ์ ณ อยุธยา ประสูติเมื่อวันศุกร์ แรม  ๗ ค่ำ เดือน ๑๒ ปีวอก จัตวาศก จ.ศ. ๑๒๓๔ ตรงกับวันที่ ๒๒ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๑๕ ณ ตำหนักพระชนก ซึ่งอยู่ในวังพระเจ้าบรมวงศ์เธอ (ชั้น ๔) กรมหมื่นมเหศวรศิววิลาส (คือบริเวณตลาดนานา บางลำภู เขตพระนคร ในปัจจุบัน)

เมื่อทรงพระเยาว์ ทรงศึกษาอักษรสมัยที่วังพระชนก โดยมีพระเจ้าบรมวงศ์เธอ (ชั้น ๔) พระองค์เจ้าประดิษฐาสารี เป็นผู้อุปการะเลี้ยงดู เมื่อมีพระชนมายุพอจะเป็นมหาดเล็กได้ ก็ได้ถวายตัวเป็นมหาดเล็กในสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิส สยามมกุฏราชกุมาร ในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เป็น "คะเด็ด" ทหารม้า ในกรมมหาดเล็กราชวัลลภ มีหน้าที่ตามเสด็จรักษาพระองค์ทำนององครักษ์เวลาอยู่ประจำการตามหน้าที่ในพระบรมมหาราชวังชั้นใน ได้พำนักอยู่ ณ ตำหนัก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ (ชั้น ๔) พระองค์เจ้าศรีนาคสวาดิ ซึ่งเป็นผู้อุปการะและอบรมสั่งสอน และพระเจ้าบรมวงศ์เธอ (ชั้น ๔) พระองค์เจ้าโสมาวดีศรีรัตนราชธิดา กรมหลวงสมรรัตนสิริเชษฐ ซึ่งเป็นพระเชษฐภคินีร่วมเจ้าจอมมารดาเดียวกัน (เจ้าจอมมารดาเที่ยง) จึงทรงได้รับการศึกษาอบรมในราชสำนักฝ่ายในมาแต่ทรงพระเยาว์