พื้นที่ภายในวัดประกอบด้วยเขตพุทธาวาส และสังฆาวาส เหมือนเช่นวัดอื่น ๆ ทั่วไป โดยมีการแบ่งพื้นที่ออกเป็น ๓ ส่วน ส่วนแรกเป็นเขตพุทธาวาส อยู่ด้านหน้าชิดกับถนนพระสุเมรุ มีคูน้ำล้อมรอบ ๓ ด้าน ส่วนที่สองอยู่ทางทิศใต้ เป็นเขตสังฆาวาส ส่วนที่สามอยู่ทางทิศตะวันออกของพื้นที่วัดติดกับถนนดินสอ เป็นเขตสังฆาวาสเช่นกัน พื้นที่ทั้งสามส่วนถูกแยกออกจากันด้วยคูน้ำซึ่งเชื่อมต่อถึงกันไปจนถึงคลองรอบกรุงส่วนแนวด้านที่ติดกับวัดบวรนิเวศก็มีคูกั้นเป็นแนวแบ่งเขตวัดเช่นเดียวกัน เขตพุทธาวาสรังษีสุทธาวาส มีสถาปัตยกรรมที่สำคัญเป็นหลักของวัดคือ พระวิหาร พระอุโบสถ (ซึ่งมีกำแพงแก้วและใบเสมาล้อมรอบ) ศาลาการเปรียญ และพระเจดีย์ซึ่งตั้งอยู่หลังพระวิหารโดยทั้งหมดถูกล้อมด้วยกำแพงอีกชั้นหนึ่ง ทั้งหมดหันหน้าไปทางหน้าวัดด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือ

สภาพปัจจุับันคือเหลือเพียง พระอุโบสถ พระวิหาร พระเจดีย์ เท่านั้น ส่วนศาลาการเปรียญถูกรื้อลงเมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๕ เพื่อสร้างอาคารกวีบรรณาลัย ขึ้นแทน

ความเปลี่ยนแปลงที่สำคัญของวัดรังษีสุทธาวาสเกิดขึ้นในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เจ้าคณะใหญ่ฝ่ายธรรมยุติกนิกาย มีพระประสงค์ที่จะจัดการศึกษาแก่พระภิกษุจากหัวเมืองต่าง ๆ โดยให้มาศึกษาในกรุงเทพมหานคร และได้ทูลพระดำริเรื่องนี่ต่อสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ เสนาบดีกระทรวงมหาดไทย ณ ขณะนั้น

สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ จึงได้ขอพระราชทานกราบบังคมทูลต่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวว่า เห็นควรให้วัดรังษีสุทธาวาสที่ขึ้นอยู่กับคณะเหนือเปลี่ยนมาขึ้นกับวัดบวรนิเวศวิหารแทน เพื่อที่จะได้ทรงจัดการด้านการศึกษาของพระัภิกาุที่ย้ายเข้ามากรุงเทพต่อไป จึงได้มีพระราชหัตถเลขาอนุญาตตามพระดำริของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เมื่อวันที่ ๑๙ เมษายน พ.ศ. ๒๔๔๒

อย่างไรก็ตาม การเปลี่ยนแปลงเมื่อ พ.ศ. ๒๔๔๒ ดังกล่าวเป็นเพียงการเปลี่ยนแปลงในเชิงการบังคับบัญชาเท่านั้น วัดรังษีสุทธาวาสยังคงมีสถานะเป็นวัดมหานิกายเช่นเดิม ซึ่งเหตุผลในการยุบรวมครั้งนั้นเกี่ยวข้องกับโครงการก่อสร้างอาคารมหามกุฏราชวิทยาลัย

ความเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญสุดเกิดเมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๘ ในสมัยพระับาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทรงดำริที่จะรวมวัดรังษีสุทธาวาส ซึ่งกำลังเสื่อมโทรมอย่างเต็มที่เข้ากับวัดบวรนิเวศวิหาร เพื่อจะได้ทรงจัดการใช้ประโยชน์อย่างเต็มที่ ในครั้งนี้ พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระบรมราชานุญาตให้ดำเนินการได้ตามพระประสงค์ของสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส